血湖湖面的惊涛骇浪之中，一道紫色的身影从水下破水而出，碇真嗣此时展现出来的力量已经可以熟练的操控at力场，在水下上升的过程根本不是在游泳，而是脚下凭空诞生出一圈圈六边形力场。就好像是武侠小说中的高手那般，利用轻功在虚空中踏步，就飞快上升，甚至于离开水面了，依旧可以用这种离谱的模式上天。阑
EVA涉及的诸多功能之中，本来是没有飞行能力的，就算是剧场版中也是增加了飞行模块之后才能够实现飞行，机体本身并没有这方面的功能，但初号机现在却可以进行一定程度的空战了。
在巨型机体的手中，还握着一个巨大的球，球体表面浮现出了一层层六边形光芒，就好像是使徒在保护自己的S2机关时释放的一样。
这层光膜保证了水压和水流不会伤害到那个球体，这个时候去看就能够发现，那其实就是三贤人系统的主机。
碇真嗣将整个地下基地打穿的同时也没有忘记这次他要执行的任务，不仅成功将主机带了上来，而且用at力场保护，保证了主机不会受到任何外部损伤。
蓝诺都没想到事情会这么顺利，初号机就好像是武林高手一般在波涛汹涌的湖面上如履平地，根本没有用任何辅助设备，就几步奔跑到岸边，等到初号机半跪下来插入栓弹出，蓝诺参与初号机成功建立联络，同时看到插入栓内部已经空无一物。
碇真嗣又一次融入到了初号机的内部，只不过这一次一切都完全是由他自己来主导的，此时的碇真嗣似乎还没有发现这一点，正想着把插入栓弹出，然后开门离开，等到这时才意识到，自己的身体已经不见了。
“大叔！能听到我说话吗？”通讯频道之中响起了碇真嗣的声音，他对于心灵之光的应用虽然还非常粗浅，但一些本能的沟通的手段已经可以做到了。阑
蓝诺眉头紧锁：“你又溶解在初号机里面了，想想办法，看看能不能重新凝聚出身体，回忆一下你从海洋中获得身体的感觉。”
碇真嗣也有些茫然，本来他以为自己这次解开基因锁的深度如此之深，接下来迎来的反噬将会无比痛苦，但却没想到根本没有感受到痛苦的感觉，整个人和初号机融合在了一起，似乎是依靠着这种方式，抵消或者是拖延了基因崩溃的反噬。
蓝诺听到了他对自己状态的描述和对现在的情况的困惑，不由的抬头与初号机那一对释放出白色光芒的眼睛对视，这一切或许正是机体之中，碇真嗣母亲所做的，她或许并不清楚，解开基因锁和解开基因锁后的反式具体是什么，但有极大概率，碇唯本身就在机缘巧合中解锁成功，理解着后面的反噬，而现在则是用自己的手段保护碇真嗣。
这其实有点像是蓝诺用武学手法按摩，来缓解碇真嗣的痛苦和反噬的程度。只不过效果更好。
“没办法重新凝聚出身体，那就稍微等一下，你现在至少是可以控制机体的，我检测了一下插入栓之内的液体成分，并没有随着时间的推移变得更加浑浊。
从这个角度来推论，你在初号机之中驾驶的时间暂时不会受到任何限制，就算现在无法获得躯体，也可以重新进入水下，在废墟之中搜寻我们所需要的设备，你有过两次凝聚出身体的经验，这一次应该也不成问题。”
得到蓝诺的安慰让碇真嗣感到轻松了不少，将插入栓重新收回了初号机内部，并且开始了安静的等待。阑
同时蓝诺已经指挥幸存者之中的程序员将初号机携带上来的三贤人系统的主机进行安装，安装的同时，他则开始对三贤人系统进行破解，将原本安装在系统之中的人工智能卸载。
把科学家和母亲的人格注入到关乎到人类命运的人工智能系统之中，勉强还可以理解，但把女人的人格注入进来，多少就有点坑爹了。
稍微认识几个女性的人，特别是恋爱中的女人，都知道，这特么就是一种没法用理性分析的动物，喜怒无常，十分的不稳定，让这种人工智能做出决定人类命运的事情，简直就是把核弹发射按钮放在一个精神病的手里。
蓝诺利用系统本身的硬件，重新输入驱动程序，并且输入自己编写的人工智能，将系统原本的职能覆盖的同时，读取数据库中内容，那是关于地下的nerv总部的情报，还有之前消灭一个个使徒的记录。