蓝诺其实也没有预料到基地自爆的这种可能，虽说以基地的防御力不一定会在海啸之中被破坏，三贤人主机也有可能还在运转。但正常情况下，就算是被拆除下来，在这种基地已经彻底被淹没的情况下，三贤人系统也不会做出任何反应才对。
然而问题就出在来打捞的是初号机，而初号机的驾驶员是碇真嗣。
这里面就涉及到了一些陈年往事和老一辈的感情纠葛，也算得上是某渣男到处沾花惹草惹出来的乱子，某种层面上说是父债子偿也不为过。
事情还要从碇源堂说起，这位的人设从一开始来看基本上就是个妥妥的反派，最开始他是六分仪源堂，但毫无疑问是一个野心家，为了不断的往爬于是来了次入赘，改姓成了碇，也娶了他的老婆碇唯，也是唯一真爱。
但这家伙泡妞能力显然不仅止于此，说是到处沾花惹草也不为过，当然和一般的色批不一样，碇源堂只泡对他有用的女人，简而言之就是通过泡妞的手段来获得一个一个忠诚度爆表的工具人。
从这个视角展开，完全可以另外开一部后宫漫，讲述碇真嗣老爹是怎么攻略一位位女主，甚至攻略了女主还要攻略女主她女儿的……
从这一点来看，碇真嗣简直不像是亲生的，明日香和绫波丽如果不是在被制造出来之后就被设定成一定会喜欢上碇真嗣，他这辈子怕是都找不到女朋友。
而赤木直子，碇源堂那个年代最优秀的计算机技术专家，也是碇源堂的狩猎目标之一，三贤人系统的三个人格，就是赤木直子自己的三个人格。
然而她和碇源堂，终究只能算是婚外情，也只有和碇唯的儿子碇真嗣，才能算是亲生儿子。
知道了这个背景就很容易理解为什么基地在这个时候突然自爆了，小三看到自己喜欢的人的孩子，而且那个孩子还不是自己的，偏偏自己用尽了一切努力，也无法让心上人回心转意，会是怎样心态爆炸？
代表了科学家和代表了母亲的人格，或许还能忍得了，但代表了女人的人格，这个时候简直是原地爆炸。
反正人类都已经毁灭了，那就毁灭的更彻底一点好了，连那个女人的孩子也一起毁灭掉就再好不过了。
蓝诺本来是没有考虑过这种可能的，毕竟原作之中不论是赤木直子，还是这家伙的女儿赤木律子，表现的都相当的冷静，理智，不应该做出这么情绪化的判断，但或许是设备损坏带来的额外影响，又或许是世界毁灭之后本性逐渐暴露出来，总之基地在一个非常不理性的指令之下自爆了，虽然大多数的自爆装置其实都已经在之前的战斗之中被摧毁。
但巨大的金字塔还是垮塌了下来，指挥大厅也被上方厚重的建筑狠狠的压扁，躲在角落位置的初号机虽说没有受到什么撞击伤害，但却被困在一个三角形的区域之中，无法逃脱，背后的巨大氧气瓶更是被砸出了一个巨大的缺口，大量的氧气泄露出来。
虽然氧气瓶内部分为一个个隔间，但这样几乎被压扁的伤害还是让残余的氧气所剩无几。
被困在这样的环境之中，就算氧气足够呼吸。插入栓内部的lcl液体也会随着时间的推移变得越来越浑浊，变得越来越难以呼吸。
碇真嗣面对着一片漆黑的狭小空间，终于感受到了强烈的无助与恐惧，生命维持系统已经开启，在接下来变得越来越浑浊的驾驶舱中，他还能继续维持二十几个小时的生命。
在那之后如果还无法脱离的话，他就会在窒息之中痛苦的死去。这种无力感极为熟悉，当初在面对恐怖天使的时候，也就是那个像是斑马一样的球体的时候，他就被拉到过虚数空间之中，被困在那里的他同样也面对着绝望的等死的情况。
但那时候人类政府至少还是正常运转着的，nerv也没有遭遇到毁灭性的打击，就算是被困在一个未知的空间之中，他也可以期待着救援的到来。