直到明朝灭亡，南明小朝廷🙁成立。阮大铖才在马士英的举荐之下，重新登上政治舞台。
此时是外患之际，按理说应该团结一致，先对🐭抗外来敌人。可阮大铖却先拿自己人开刀，对东林党人大加报复。
在南京城破后，阮大铖投降了清军。而马士英因为与阮大铖交好，所以被一些东林党的人也说他是投降了清军，还拿出一些编造的书信来当做证🍤据。
因为东林党的刻意渲染，还有马士英在当首辅大臣时确实也表现不佳，所以他就有了一个“奸臣”的名声。🟋🛣🞑至于他🛐是不是为国而死😉⛎🙐，人们也都忽略了。
阮大铖到南京后，随着马士英被起用为凤阳总督，成为东南半壁的实权人物，并成功拥立🀞♠福王建立弘光朝廷后，便立即上疏《冒罪特举知兵之臣阮大铖共济时艰疏》，举荐阮大铖。
这一道疏的名称很是耐人寻味，一是明知阮大铖是先皇崇祯的钦定罪人，一旦启用就是翻案，是对先皇的不恭；二是这文人🗍一枚的阮大铖不知何时成了知兵之人了；三是举荐其来朝，同舟共济，🄨直将这阮大铖视为大大地忠臣，是能帮助朝廷渡过这艰难岁月的良将。
马士英作为权臣，在弘光朝没有办不成的事，于是这阮大铖复🁴🍜出了，当上了兵部尚书。可他恐怕是连个纸上谈兵都谈不上之人，而且在当时情况下，也没哪个将领能听他的吧。
那个时候的战况其实也很有些喜剧，清军因兵力不足🝒，无力直接南下，而当时大敌是李闯。于是，以吴三桂为首的清军主力一路向西地追打李自成；而左良玉趁李自成一片石兵败🂴，借机收复其在湖北等地的老巢，所以李自成又向南假打左良玉；但左良玉却又借口要清君侧，发檄文讨伐马士英，领兵东进，害得南京弘光朝廷又急忙发兵抵挡，这转着圈地一阵乱打。最后是清军大举南下，直赴扬州，一日便城破，南京钱谦益等开门迎降？
阮大铖出逃到金华，因名声🙁臭而旋即被逐，🙸🏉怀恨在心，于是“潜通降表于清”，并极力讨好新主子。薙发蓄辫，胡服左衽，不顾自己病体，竭力想立功，为清人答应他做福建巡抚作好铺垫，抱病南征，不料途中突然病发，在仙霞关仆在一石上就死去了，时年六十岁。