心理研究所于19🎵🕚28年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月在北平正式成立🏈😃⚕。
数学研究🛗🜢所于1941年筹备，1947年在上海正式成立。
医学研究所于1944年筹备。
院长任上，蔡元培依旧奉行他的“人才至上”主义，不拘一格⛢🜅选🝴🏚🚨用科学方面的专家。
理工方面，物理研究所聘丁西林为所长，严🅤🈣⛲🅤🈣⛲济慈、胡刚复、杨肇燫等为研究员。
化学研究所聘王琎为所长，赵燏🐗⛤🜕黄、♿沈慈辉、曾义为研究员。
工程研究所聘请周仁🍢为所长，王季同、周行健等为研究员。
地质研究所聘李四光为所长，翁文灏、🉈🅙叶良辅、徐渊摩等为🚦🕩🌒研究员。
气象研🟂🚕究所聘🙫🍕竺可桢为所长，胡焕庸等为研究员。
天文研究所聘请俞🎵🕚青松为所长，陈遵妫、高平子为🁥研究员。
心理研究所由康钺任所长。
人文方面，历史语言所由傅斯年任所长，陈寅恪、赵元任、李济分别任历史组🞄👦、语言组、考古组主任，研究员有陈垣、刘半农、徐中舒、罗常培、史禄国白俄学者等。
社会科学研究所由杨端六任所长，后由蔡元培本人兼任。经济组🝴🏚🚨主任⚿杨杏佛，研究员杨端六、吴定良，特约研究员刘大钧、王琎、何廉、蒋廷黻等。法制组主任王云五，特约研究员周鲠生、王世杰、胡长青等。社会组主任陈翰笙，研究员王济昌，特约研究员陶孟和；民族组主任蔡元培，研究员有德国学者但泽、凌纯声。
蔡元培所聘请的研究人员，几乎囊括了当时🅤🈣⛲中国科学界的顶级精英。
在研究院的行政管理上，蔡元培也始终把握专家治院的原则。研究院内总管行政事务的最初为秘书长，后改称为总干事🔬🃰。蔡元培聘请的第一任总干事是杨杏佛。
杨杏佛早年加入同盟会，并曾在孙中山的临时南京政府中任职，后赴美国留学，攻读机械工程、工商管理、经济。归国后，长期协助蔡元培工作，是蔡元培创建中央研究院的最得力的🌶🃦🙾助手。
蔡元培曾说：🙫🍕“我素来宽容而迂缓，杨君精悍而机警，正可以他之长补我之短。”
1933🛗🜢年，杨杏佛遭国民党特务🎆🎶🕧暗杀，物理学家丁西林短期代任总干事一职，继由地质学家丁文江接任总干事。
丁文江早年留学英国攻读动物学和地质学，1922年参与发起成立中国地质学会，🄗♗与翁文灏合著《第一次中国矿业纪要》。他是一个精于科学又长于事务管理的科☜学家，1934年任中央研究院总干事后在科研组织管理方面实施了一系列富有成效的改革。蔡元培称他是一位“有办事才能的科学家♛”，“我国现代稀有的人物”。