《谍影重重2》的故事，距离第一部中惊心动魄的杀戮已经过去两年，与女友隐居印度的伯恩依然被隐约涌现的记忆片段所纠缠，一桩发生在柏林的爆炸案中惊现伯恩的行踪，再度将他拉回ia的视线。
中情局高层涉黑贪腐，为了掩盖自身的罪行，妄图嫁祸伯恩。
他们先指使俄罗斯石油巨头雇佣杀手将中情局派去的探员以及与之交易的线人全部灭口，留下伯恩的指纹，再去印度偏远的小镇果阿刺杀伯恩，以造成死无对证的无头案。
死里逃生的伯恩为给惨被误杀的女友玛丽报仇，碾转多地，终于将中情局内鬼、雇佣杀手各个击破，同时关于他的梦魇之谜也终于揭开。
而影片开头就来了个让人惊掉下巴的剧情大反转。
正当观众都以为一如007或谍中碟那样，玛丽会是伯恩的“谍女郎”时，影片却安排玛丽早早死去。
接下来的剧情则被用心良苦地设计成了双线：一方面是伯恩如何揭露中情局的内幕，洗刷自己的清白；另一方面，则是他进一步厘清围绕在自己身上挥之不去的阴影记忆。
这片子当然不是一个为女友简单复仇的故事。
事实上，除了在德国慕尼黑与ia特工的打斗，于正当防卫中被迫将其勒死外，整个剧情中伯恩都再没有杀过一人，而且时时铭记着玛丽对他的嘱托：“你一定还有别的选择，可以不杀人。”
由此，整个故事最终变成了一次自我救赎的过程。
在影片的结尾，伯恩当着奈斯基夫妇的孤女说道：“你的父母不是那样死的，都是我杀的，对不起。”，就此卸下了沉重的心理包袱。
与《谍影重重1》相比，第二部的节奏更为明快。
导演保罗-格林格拉斯给过罗南一份统计，《谍影重重》平均镜头长度26秒，而到了《谍影重重2》上，平均镜头长度只有19秒！
高速剪辑营造出了异常激动人心的视觉。
可以说，保罗-格林格拉斯赋予了影片很多新的表现形式。
但作为一部典型的商业片，在剧情设置上依旧遵循着最基本的好莱坞模式。
主角与反派的正邪对立非常明显，始终贯穿伯恩和aa的对抗，“绊脚石”计划的负责人还没死绝，伯恩又被ia追杀。
再就是典型的三幕式结构。
第一幕必然是交代人物和背景：伯恩在逃，ia的键盘侠、高领毛衣控们初步制定应对伯恩的策略；第二幕矛盾激化，伯恩与关键队友建立联系，ia先派喽啰探路，再派与伯恩势均力敌的杀手阻击，这期间必定来一场追车戏，一场跟踪与反跟踪戏。