起事时，因他是众望所归，强行将他夹裹在军队之中。
结果，梁山一战便一败涂地。
跋摩见船只狭窄，离岸又远，断定必有人毙命，不如自己跳下去，正可多救一人，于是一心称颂观世音，手持邛竹杖跳入江中。
他很奇怪水才没到膝处，便用竹划水，朝模糊的水岸游去。
猛然，一童子从后面来，用手牵住他，他回头说“你一个不尿频孩子如何能渡得过我呢？快自己逃命去吧！”
恍忽之间，才觉行了十几步，便到了岸上。
他脱下衲衣想报答童子，抬头时却了无一人。
跋陀罗浑身毛发竖起，知道是神力相助。
孝武帝下令找到摩诃衍要好生照顾，护送京城。
很快，他便出现在孝武帝面前。
宣暄毕，孝武帝问他事情的原委，对他说“朕盼望法师已经很久了，到今天才得相见。”
“贫僧既已沾染罪过，理当粉身碎骨。现在蒙陛下接见，如获重生再造。”
“法师不必过于自责，罪在义宣。我且问你，参与谋逆的有哪些人呢？”
“出家人不参与军事，但张畅、宋灵秀都逼迫过我。贫僧惟一明了的，是宿缘所定，难逃此劫。”
“法师放心，这没有什么可怕的。从现在起，你就住在后堂，朕随时请教。”
会见结束了，跋陀罗仍被奉为高僧。
当初在荆州十年，他与谯王书信来往，无不记录在案。
平叛后朝庭派人检查书信，发现他言及军事者连片言只语都没有。
孝武帝更相信了他纯净谨慎，礼遇愈加优厚。