张然是这么设计的，曹林酒后驾车，撞上了学校的校车，导致校车倾覆，多名孩童死亡，这才被判以时间囚禁这种重刑。
如此一来，蔡妍这条线索就通了。当曹林死后，蔡妍在墙上看到了曹林的留言。四十年后，蔡妍阻止了曹林，拯救了曹林，也拯救了那些在车祸中死去的孩子。
当然，故事的重点是在曹林这边，得为曹林增添闪光点，增添人性的东西，这样，整个故事才会有吸引力。
张然为曹林增添了一条救赎线，在酒后驾车导致的严重事故中，曹林的妻子和女儿都死了，他万念俱灰。这就很好的解释了曹林被囚禁在时间中，却没有像《土拨鼠之日》中的男主角那样去寻欢作乐，因为他的心已经死了，服刑对他来说是一种自我惩罚。
曹林的救赎是拯救一个小女孩，一个跟他的女儿长得一模一样的小女孩。这个小女孩在曹林的眼前被车撞死，因此曹林决定拯救这个小女孩。
当然，他的拯救并不是一帆风顺的，事情总是偏差，小姑娘一次又一次被车撞死。
不知道试了多少次，曹林终于将小女孩救了下来。可是，当第二天早上曹林醒来，他意识到一切又回到了开始，那个小女孩并没有被拯救，在这一天小女孩会重新遇上车祸。
曹林发现到自己什么也改变不了，不管自己怎么做，怎么努力，时间都会被重置，一切都会恢复原样。他彻底绝望了，开始喝酒，开始鬼混，反正人生都这样了，就除了混吃等死还能做什么。
直到有一天，他在酒吧里跟人打架，第二天起来脸上带着淤青，他突然意识到有一个办法可以拯救那个小姑娘。如果自己救下小姑娘，然后在那一天死去，时间就能顺利进入第二天，小姑娘就能得救。
这跟《蝴蝶效应》的结局类似，《蝴蝶效应》中伊凡一次次回到过去，却发现自己的努力只会导致更加严重的后果。最终意识到只有自己死去，一切才能真的改变，于是他的意识降临到自己母亲的肚子里，用脐带勒死了还未出世的自己。
最后这一天终于到来，曹林顺利救下了小姑娘，也帮助了很多需要帮助的人，一直忙到晚上九点才回到宾馆。他完成了对自我的救赎，在墙壁上给女主角写下留言，说明了一切，然后喝下毒药安然死去。
剧本的两条主线非常清楚，故事结构也非常清晰，不过张然并没有马上动手写剧本的具体内容，而是开始列剧本的情节点。
《潜伏》的导演北电的剧本课老师姜伟曾经说过，国内编剧有一半的人，连标准的剧本格式都写不对。编剧水平低下，是中国影视剧水平低下的一个重要原因。
写剧本对张然来说不是什么问题，在美国读书的几年，他写过好几个故事，大部分自己写，也有跟美国编剧合写的，从工会、保险的好莱坞基础制度到制片公司立项的绿灯系统，以及剧本量化评分指标，他都非常清楚。
《时间囚徒》是冲着电影频道去的，电影频道面对的是普通观众，追求艺术的作品在电影频道是没有太大市场，因此张然打算按照好莱坞剧本的套路来。
好莱坞电影剧本基本上都是三段式，如果电影是九十分钟，前十五分钟为第一幕——开端；十五分钟到七十分钟为第二幕——对抗；七十分钟到九十分钟为第三幕——结局。
在第一幕结束的时候，要有一个情节点。它紧紧织入故事之中，并把故事转向另一方向。《时间囚徒》的这个情节点是女主角发现男主角在墙壁上的文字，进而把故事引入道男主角部分。
在第二幕结束的时候，同样要有一个情节点，把故事引入结局。在《时间囚徒》中，这个情节点是男主角想到了拯救小女孩的办法，故事从这里开始走向结局。
当然，好莱坞的剧本远远不止这两个情节点，而是由十几个大的情节点构成，而这些大的情节点又可以细分为更多的小情节点。